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2008年12月14日 (日)

ChemDraw(Ver.6以前)によるマス計算の注意点

電荷をもつ化学構造式について、ChemDraw(Ver.6以前,CambridgeSoft Corp.)の「Analyze Structure」で算出するExact. Massは電子を考慮しません(電荷表示は計算に反映されない)。すなわち、マスの検出イオンが+イオンであれば電子1個分のマスを引いて算出しなければなりません(-イオンなら加算)。

 電子1個の質量は9.1093897×E-28 g。これにAvogadro定数=6.0221367×E+23を乗じて統一原子質量単位(u)に換算すると 0.000549 u(いわゆる0.549 mmu:)となり、通常0.0001 uの桁まで表記するHRMS(ハイマス)では真値からのズレが問題となります。 
 一方、ChemDraw(Ver.7以降)では電荷を書けば「Show Analysis Window」で電子を考慮したマスが得られます。

 ちなみに、マスの測定機器には理論値算出のための処理プログラムを搭載している場合がありますが、電子まで考慮するかどうかはメーカーによって異なるそうなので注意が必要です。

mmu(ミリマスユニット)は慣用単位。現在の国際単位系(SI)の規則では、u(統一原子質量単位)またはDa(ダルトン)の使用が推奨されている。したがって、1 mmuは 0.001 u もしくは1 mDaと表記されるのが好ましい。

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